De bijzondere positie van de militair stelt regels aan de geschiktheid en beschikbaarheid van de militair. Defensie moet daarom inzicht hebben in de (fysieke en geestelijke) inzetbaarheid van de militair om verantwoord besluiten te kunnen nemen over de (operationele) inzetbaarheid van de militair. Om onder andere die reden is de militair verplicht aangewezen op geneeskundige zorg door of vanwege de militair geneeskundige dienst. De keerzijde van deze verplichting van de militair ligt in de verplichting van de militair geneeskundige dienst om onder alle omstandigheden directe en kwalitatief hoogwaardige gezondheidszorg ter beschikking te stellen.

De Militaire Ambtenarenwet legt aan de militair een aantal verplichtingen op het gebied van de gezondheidszorg. Dit betreft bijvoorbeeld het feit dat de militair verplicht is gebruik te maken van het hem toegewezen zorgteam; dat de tot het zorgteam behorende artsen gebruikmaken van de in het geïntegreerde medisch dossier beschikbare gegevens en dat informatie over de inzetbaarheid van de militair (zonder medisch-inhoudelijke informatie) kan worden verstrekt aan de commandant ongeacht toestemming van de militair.

De Militaire Ambtenarenwet bevat nog meer verplichtingen. Allereerst is de militair verplicht maatregelen in acht te nemen ter bescherming van zijn gezondheid, waaronder enkele verplichte vaccinaties. Ook dient de militair zich in geval van ziekte te houden aan de aanwijzingen van de militair arts. Hij is niet verplicht een invasieve ingreep te ondergaan. Het Medische Zorgteam adviseert de commandant over de operationele inzetbaarheid van de militair. Daarbij is de militair verplicht mee te werken aan een geneeskundig onderzoek betreffende zijn inzetbaarheid.

Van de militair arts wordt volgens Defensie verwacht dat hij werkt als huisarts, bedrijfsarts en GGD-arts en dat hij al zijn patiënten vanuit elk van deze gezichtspunten bekijkt. Anders dan in de civiele wereld volgt hij niet voor elk van deze specialismen een drie- tot vierjarige specialisatie-opleiding, maar een niet-erkende opleiding bij Defensie van twee jaar waarin aan elk van de specialismen aandacht wordt besteed.

Om militair arts te worden volgt de (basis)arts een tweejarige opleiding tot Algemeen Militair Arts (AMA) bij Defensie. Tijdens deze opleiding loopt de cursist een half jaar stage bij een huisartsopleider (huisarts), krijgt hij of zij de noodzakelijke kennis van risico-inventarisatie en evaluatie, beroepsaandoeningen, sociaal-medische begeleiding en verzuimbegeleiding (bedrijfsarts) en maakt de cursist kennis met de basis principes van sociale geneeskunde (GGD-arts). Er is aandacht voor deze specialismen en na afronding van de opleiding tot AMA, kan de militair arts ½-1 jaar verkorting krijgen voor de driejarige specialisatie-opleiding tot huisarts of de vierjarige specialisatie-opleiding tot bedrijfsarts.

In 2009 heeft Defensie een verkenning gedaan om voor de opleiding tot AMA een civiele erkenning te krijgen voor de 1e fase van de opleiding Maatschappij en Gezondheid (profiel Beleid en Advies).

Tot op heden vond geen civiele erkenning van de opleiding tot AMA plaats.

Een militair heeft voorafgaande toestemming van zijn commandant nodig om een arts te bezoeken en een militair arts uit het medisch zorgteam informeert de commandant over de inzetbaarheid van de militair ongeacht de toestemming van de militair. Het medische beroepsgeheim heeft zodoende een andere betekenis voor de militair arts, dan het medische beroepsgeheim buiten Defensie.

In de civiele wereld valt alles wat de hulpverlener in de uitoefening van zijn beroep over de patiënt te weten is gekomen onder het medisch beroepsgeheim. Dat kunnen ook niet-medische zaken zijn, zoals de gezinssituatie of privéomstandigheden. Het enkele feit dat een patiënt een afspraak heeft met een hulpverlener valt ook onder het geheim. Gegevens van de patiënt mogen aan derden verstrekt worden als de patiënt hier toestemming voor geeft. Het moet dan gaan om geïnformeerde en uitdrukkelijke toestemming.

De militair heeft toestemming van zijn commandant nodig om de militair arts te bezoeken. Wanneer hij dat doet, dan adviseert een militair arts uit het medisch zorgteam desgevraagd dan wel op eigen initiatief en ongeacht de toestemming van de militair over diens inzetbaarheid, waarbij geen inhoudelijke geneeskundige informatie wordt verstrekt.

In Nederland staat het een patiënt vrij om zelf te kiezen door welke arts hij/zij wordt behandeld. Voor militairen is dat niet het geval. Zij zijn aangewezen op het zogenoemde “medische zorgteam” van Defensie en dienen zich te houden aan de aanwijzingen die de militair arts geeft.

De militair die gezondheidszorg nodig heeft, is gehouden om zich te wenden tot het aangewezen ‘medisch zorgteam’. Daarbij is hij verplicht zich te houden aan de voorschriften van de verantwoordelijk militair arts. Die schrijft behandelingen voor. De behandeling is er op gericht om de militair zo snel mogelijk weer inzetbaar te krijgen. Slechts in uitzonderlijke gevallen kan de militair een behandeling weigeren. Dat heeft in veel gevallen direct gevolgen voor zijn dienstverband.